Generalnie audyt dzieli się na wewnętrzny i zewnętrzny.
Audyt wewnętrzny
Audyt wewnętrzny (nazywany też audytem pierwszej strony) - zarządzany i nadzorowany przez kierownictwo jednostki - przeprowadzany jest przez zatrudnionego przez kierownictwo audytora wewnętrznego lub siłami własnych pracowników, co obniża koszty i pozwala zrealizować taki audyt w dowolnym momencie.
Właśnie z tych względów audyt wewnętrzny jest najczęściej przeprowadzanym audytem, zaś czynności w jego ramach obejmują szczególnie:
- badanie dowodów księgowych i ksiąg rachunkowych;
- ocenę systemu (i jego efektywności) gromadzenia środków finansowych i zarządzania nimi oraz posiadanym majątkiem.
Audyt zewnętrzny
Audyt zewnętrzny (tzw. audyt drugiej strony) - o zakresie zbliżonym do audytu wewnętrznego - jest prowadzony przez instytucje niezależne od kierownictwa jednostki poddawanej audytowi. W administracji rządowej będzie to np. Najwyższa Izba Kontroli - instytucja niezależna od rządu, w administracji samorządowej - regionalne izby obrachunkowe.
Audytem zewnętrznym jest także ten zlecany przez samą jednostkę bądź organ jej nadzoru podmiotowi zewnętrznemu, np. wyspecjalizowanej firmie audytorskiej. Niektóre formy audytów zewnętrznych są obowiązkowe, o czym więcej w osobnym dziale. Audytor zewnętrzny to na ogół firma lub niezależna osoba - np. biegły rewident - posiadająca uprawnienia do dokonywania kontroli dokumentów finansowych.